自从妮玛跟蕾娜的事情公布于众后，妮玛就搬到了跟亚历克斯一起住，并且告诉她只有学校的学员们不知道她们是双胞胎的事情，米兰达跟奥康纳以及学校的职工都知道。另一间房间内的西蒙也在跟蕾娜愉快的聊着天，一切都回到了正规上。 亚历克斯带着受伤的瑞恩离开了FBI的包围，两人躲进了一间没人居住的民房内，没有任何手术经验的亚历克斯通过手跟刀子成功的将瑞恩腹中的子弹取了出来。另一边的西蒙跟谢尔比也被FBI抓了起来。瑞恩跟亚历克斯看着新闻中克莱顿的报道，这时克莱顿的邮件被人黑了进去，里面的众多邮件都被公布到了网络上。亚历克斯觉得无论是谁帮的忙给了她所需要的一切去正面她的清白。 FBI的人很快就找到了亚历克斯跟瑞恩躲藏的小区，但是之前帮助过亚历克斯的黑客前来帮助她并且希望能帮助亚历克斯转移到安全的地方，亚历克斯觉得克莱顿泄露的邮件是个重要的信息，也许能帮助她洗脱清白。亚历克斯在一些信用卡收据上看到了写有她名字的收据，他们觉得也许纽约车站只是个幌子，也许还有其他的炸弹威胁。克莱顿告诉自己的儿子哈斯希望他帮助自己删除一切邮件，两人为此又因为谢尔比的事情闹得不愉快，但是哈斯还是答应了父亲的要求。 九个月前，联邦调查学院，瑞恩通过自己的关系网成功查出了亚历克斯的父亲原来是奥康纳的上司，但是不懂什么原因奥康纳申请了调离，亚历克斯决定查出这背后的真相。娜塔莉觉得谢尔比跟哈斯发展太过迅速不好。 米兰达准备让自己儿子跟着一起去调查学院。在学院内，米兰达先是恭喜了学员们成功的通过了昨天的测试，并且公布了现在开始周末以及晚上允许学员们离开学院，但是在这同时他们还给每个学员都发布了一个案件，亚历克斯负责的是“亚特兰大疾控中心的炸弹威胁”，哈斯的则是“特区公园管理部门的员工数据库被黑了”，西蒙的是“集团犯罪，牵涉到俄罗斯黑帮”。 西蒙跟妮玛发现了米兰达给他们的案件都是有关联的，米兰达带着众人前往FBI的总部，让他们在顶级特工面前汇报案件的进展。瑞恩因为本身就是特工因此有权限进入资料库偷取了关于亚历克斯父亲的资料。学员们通过各自案件的联系，成功的在FBI精英们的说出了各个案件直接的线索。 但是任务还远没有结束，米兰达跟奥康纳等人将罪犯的照片交给了学员们，并且告诉他们不能引起恐慌不能被发现的情况下抓捕罪犯并且取回罪犯身上的病毒。亚历克斯虽然最后成功的抓捕到了罪犯，但是却不小心被罪犯的同伙将病毒放在了她的包里最后带回了FBI总部，因此这次测试大家谁都没通过。 亚历克斯发现之前跟瑞恩偷取的关于她父亲的资料不翼而飞，她很是气愤的扎到了奥康纳，奥康纳说出了当时在跟她父亲一起执行任务的时候，因为他们的失误导致她母亲要替他们被黑锅。 亚历克斯带着受伤的瑞恩上了飞机，但是关键时候亚历克斯却借口回到了车内，原来她是希望先将受伤的瑞恩送走，自己则继续留下追查真凶。
