柯特被特勤局带往地堡，声称是为了国家安全，而在那里柯特见到了许多他认识的重要人物，均被控制在地堡内。柯特看到眼前的一切，认为谢培德真正的计划，就是将他们困在地堡里，而她则要进行大规模的袭击，以建立新的美国政府。柯特将自己的想法告诉基顿，说服基顿跟他一起离开地堡，以阻止谢培德即将开始的大规模袭击。基顿想通知在场的其他人，可柯特却因为沙暴组织无处不在，他实在不知道谁是可信的，他不能冒这个险将这件事说出去。柯特和基顿刚找到一部原始总机，好不容易接通了帕特森的手机，可没想到刚说了一句话，就被人给发现了。柯特和基顿联手制服了发现他们的守卫，然后拿走他的门禁卡，逃出了地堡。帕特森根据柯特的提示，跟里德他们一起商量，谢培德接下来的计划，突然想到因为昨天的爆炸，白宫齐集了所有领导人，谢培德可能要炸的是白宫。帕特森有了猜想之后，才想起了与昨天爆炸的炸药有关的扎克，于是将他逮捕审问。在扎克还没有坦白之前，柯特和基顿便回了FBI，柯特这时才知道，谢培德手上还有之前她在曼谷抢来的核原料。正当柯特安排组员深入调查之时，扎克说出了谢培德要发射导弹的事情，帕特森才明白谢培德的目标并不是白宫，而是要将整个东海岸夷为平地。帕特森左思右想想到了一个办法阻止谢培德发射的导弹，并在新代理局长埃莉诺的帮忙下，找到了两个太空专家帮忙，要求他们设法利用在太空上的联盟号入侵谢培德的导弹，以达到控制的目的。萨帕塔得知了沙暴组织还有行动，她只能拔掉注射管回到FBI帮忙，柯特于是让萨帕塔和基顿一起监控谢培德的行动，助柯特他们抢回核原料。帕特森与太空专家的配合之下，虽然没办法阻止导弹，但给帕特森争取了六分钟的时间。柯特他们拦住了谢培德的车，正准备让谢培德缴械投降之际，谢培德的另外两名杀手在外侧偷袭他们，打他们一个措手不及。谢培德在袭击之时，想要逃跑，最终还是被柯特给打中一枪，被逮捕了。在谢培德被逮捕的同时，帕特森阻止导弹发射失败，导弹已经成功发射，并在30分钟后成功降落国会大厦，而现在唯一能阻止的方法，就是将信标找到，将导弹改向海洋降落。在谢培德身上没有找到信标，柯特便想自己一个人开着整车核原料去处理，而此时帕特森告诉他们，真信标还在使用中，并没有被销毁。柯特让简开车离开，而他则在车里寻找信标的下落，就在柯特发现信标在谢培德的肚子里时，罗曼开着警车袭击他们，引发了车祸。车祸之后，柯特因为巨大的震动受了伤，此时他才发现车上的心肺振动器，于是利用这个电击谢培德，才最终将谢培德肚子里的真信标销毁，让导弹误信帕特森设的假信标而投向大海。简与罗曼搏斗一番之后，还是狠不下心杀死罗曼，只能让罗曼离开。柯特想要拦住罗曼，却因为受伤从车上摔了下来几乎要晕过去，所以没能拦住罗曼，而他在昏迷前向简表白，要求简不要离开他。（本季终）
